Suatu malam, saudara-maranya mendengar beliau berdoa selepas solat malamnya: “Wahai Allah, kiranya dunia yang luas ini telah sempit bagiku, maka oleh itu kembalikanlah nyawaku ini ke hadiratMu.”
Diceritakan pula bahawa Imam Bukhari tinggal di rumah seseorang bernama Ghalib bin Jibril. Setelah beberapa hari Imam Bukhari tinggal di rumah tersebut, tiba-tiba beliau jatuh sakit yang setiap hari bertambah parah. Maka datanglah saudara-maranya dari Samarkand meminta agar beliau sudi tinggal bersamanya di sana.
“Aduh, kembalikan saja aku ke rumah itu, aku sudah tidak kuat lagi melangkah.” Kata beliau.
Mereka pun berpatah balik dan mengembalikan Imam Bukhari ke rumah yang didiami sebelumnya. Ghalib bin Jibril sendiri yang memegang tangan beliau sewaktu berjalan.
Beliau terus berbaring sambil terus-menerus berzikir dan berdoa kepada Allah. Peluh bercucuran di sekujur tubuhnya. Tidak banyak yang diucapkan pada saat-saat akhir tersebut kecuali beliau hanya berkata: “Kafanilah aku dengan tiga helai kain tanpa baju dan serban.”
Tidak lama selepas itu, beliau pun menghembuskan nafasnya yang terakhir pada malam Hari Raya Aidilfitri iaitu malam Sabtu, tahun 256 H/870 M, ketika berusia 62 tahun. Beliau dikebumikan selepas zohor, esoknya, selepas satu kehidupan yang penuh dengan berbagai usaha yang mulia serta murni.
Al-Firabri berkata: “Aku bermimpi melihat Nabi s.a.w. di dalam tidurku.” Baginda s.a.w. bertanya kepadaku, “Engkau hendak menuju ke mana?” Aku menjawab: “Hendak menuju ke tempat Muhammad bin Ismail al-Bukhari”. Baginda s.a.w. berkata, “Sampaikan salamku kepadanya!”
Petikan:
Dari buku karya saya, Lembaran Hidup Ulama'